Zum Re-indizieren einer WSUS Datenbank eignet sich das Script WsusDB­Maintenance.sql , das in der TechNet-Gallery zum Download angeboten wird. Das Script funktioniert auch unter Server 2016 einwandfrei.

Wenn auf dem Server auch das SQL Management Studio installiert ist, sind alle Voraussetzungen erfüllt und man verbindet sich mit der internen Datenbank (WID) bis Server 2008 (R2) mit \\.\pipe\MSSQL$MICROSOFT##SSEE\sql\query und ab Server 2012 mit \\.\pipe\Microsoft##WID\tsql\query, ansonsten müssen noch folgende Programme heruntergeladen und installiert werden:

Wenn SQL Management Studio auf dem Server nicht verfügbar ist, muss man sich das Befehlszeilen­programm sqlcmd.exe auf dem Computer installieren. Dazu lädt man sich zunächst die Microsoft® ODBC Driver 11 für SQL Server – und dann das eigentliche Microsoft Befehlszeilenprogramm 11 für SQL Server  direkt von Microsoft herunter und installiert beides dann in dieser Reihenfolge. Die untenstehende SQL-Routine sieht dann zum Beispiel folgendermaßen aus:

sqlcmd -I -S np:\\.\pipe\Microsoft##WID\tsql\query -i c:\!scripts\WsusDBMaintenance.sql
sqlcmd -I -S np:\\.\pipe\MSSQL$MICROSOFT##SSEE\sql\query -i "C:\!scripts\WsusDBMaintenance.sql

Bei der Verwendung einer eigenen SQL Datenbank:

sqlcmd -I -S np:\\.\pipe\MSSQL$SQLEXPRESS\sql\query -i "C:\!scripts\WsusDBMaintenance.sql"

weitere Quellen:

WSUS Maintenance script for TechDays audience

Microsoft Database Maintenance

http://www.adamj.org

WSUS Server Cleanup Report