App-V speichert die Einstellungen standardmäßig unter C:\ProgramData\App-V\PackageID\VersionID.

Per Default Rules in Applocker ist das Ausführen von Dateien in diesem Pfad aber nicht erlaubt.

Ausnahme in den Applocker Regeln hinzufügen.

Quelle:

https://social.technet.microsoft.com/wiki/contents/articles/23922.implementing-applocker-with-app-v-5-packages.aspx

https://technet.microsoft.com/en-us/library/ee460944(v=ws.11).aspx