Update, am 18.12.2014:

Edi Pfisterer hat ein VBS Script geschrieben, das als Startup Script eingesetzt werden kann.

http://www.schulnetz.info/rollout-geogebra-5-per-gruppenrichtlinie/

Update am 09.10.2014:

• Bei mir funktioniert die Verteilung über GPO seit der Version 5.x nicht mehr. Die Verteilung über die Kommandozeile (siehe unten) geht nach wie vor.
• Die EXE Datei lässt sich übrigens mit dem Silent Schalter /S installieren (mit Wrapper in MSI packen)
• Die Verteilung über Script funktioniert problemlos.

Für die Verteilung der Software Geogebra gibt es ein MSI Paket.

Download

msiexec /i \\INSTALL\GeoGebra\GeoGebra-Windows-Installer-4-4-6-0.msi ALLUSERS=2 /qn

Update deaktivieren: HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/JavaSoft/Prefs/geogebra/version_check_allow = false

Diese Einstellungen können auch direkt innerhalb der MSI Datei gemacht werden. Mit Orca die MSI Datei öffnen und folgende Einträge machen:

Microsoft stellt in den Volumenlizenz Portalen eine aktualisierte ISO für Windows Server 2012 R2 bereit.

Ab Java 7u10 konnten Sie kontrollieren, ob und wie nicht vertrauenswürdige Java-Anwendungen ausgeführt werden, wenn sie auf einer Webseite enthalten sind. (Eine nicht vertrauenswürdige Anwendung ist digital von einem unbekannten Herausgeber signiert oder enthält ein Zertifikat, das nicht von einer vertrauenswürdigen Zertifizierungsstelle ausgegeben wurde.) Durch Festlegen der Sicherheitsebene im Java Control Panel wird bestimmt, 

1. ob Sie zur Bestätigung aufgefordert werden, bevor eine nicht vertrauenswürdige Java-Anwendung ausgeführt wird (MITTEL oder HOCH) oder
2. ob nicht vertrauenswürdige Java-Anwendungen blockiert werden, damit sie nicht ausgeführt werden können (SEHR HOCH).

Ab Java 7 Update 51 kann die Ausführung von Applets, die die neuesten Sicherheitsrichtlinien nicht erfüllen, dennoch genehmigt werden, indem die Sites, die diese Applets hosten, in der Ausnahmeliste aufgenommen werden.

Um die Sicherheitsebenen während des Deployments zu steuern reichte es aus, in der Property Tabelle des MSI Paketes die entsprechenden Werte zu etzen:

WEB_JAVA_SECURITY_LEVEL=VH/H/M/L

Ab Java 8 Update 20 wurde die Sicherheitsebene "Mittel" vom Java Control Panel entfernt. Nur die Ebenen "Hoch" und "Sehr hoch" sind verfügbar.

Durch die Ausnahmeliste können Benutzer dieselben Applets zuzulassen, die bei Auswahl der Option Mittel zugelassen worden wären, allerdings pro Site, sodass das Risiko der Verwendung weiterreichender Einstellungen vermindert wird.

Konsequenzen für das Deployment:

WEB_JAVA_SECURITY_LEVEL=VH/H

Ausnahmelisten zentral pflegen: siehe dazu meinen Artikel "Java-Anwendung ohne Zertifikat" (2. Ansatz)