Bei einem WSUS Server unter Windows Server 2008 R2 hatte ich das Problem, dass der Serverbereinigungs-Assistent hängen blieb und die CPU Last ständig auf 100% anstieg.
Grund ist die überfüllte SQL Datenbank.
Bei mir hat folgende Vorgehensweise schließlich zum Erfolg geführt:
Den Serverbereinigungs-Assistenten ausführen und mehrere Durchläufe in der angegeben Reihenfolge durchführen.