Um einen Windows Server 2008 R2 in der “Core”-Installationsvariante einzurichten, gibt es Kommandozeilentools und ein kleines Skript zur Hilfe. Komfortabler geht es aber mit dem CoreConfigurator 2.0 von CodePlex.
Mit Hilfe dieses Tools lassen sich viele  Einstellungen am Server Core unter Windows Server 2008 R2 vornehmen:

• Produktlizenzierung vornehmen
• Netzwerkkonfiguration vornehmen
• DCPROMO durchführen
• ISCSI Einstellungen vornehmen
• Server Rollen und Funktionen hinzufügen bzw. entfernen
• Benutzer und Gruppenrechte einstellen
• Netzwerkfreigaben erstellen und löschen
• Windows Firewall konfigurieren
• Bildschirmauflösung und Bildschirmschoner einstellen
• Hinzufügen und Entfernen von Gerätetreibern
• Proxy Einstellungen
• Windows Updates Einstellungen
• Multipath I/O für externen SAN Speicher
• Hyper-V Konfiguration inkl. Start/Stop von Maschinen und Thumbnails des aktuellen Bildschirms
• Domain-Join und Servernamen setzen
• Hinzufügen und Entfernen von Programmen
• Services verwalten
• RDP konfigurieren bzw. aktivieren
• WinRM

Ich möchte auf die Seite von Faqomatic verweisen, wo der Einsatz dieses Tools sehr schön beschrieben wird: http://www.faq-o-matic.net/2010/04/06/das-gui-fr-server-core-r2-coreconfigurator-2-0/#more-2227
Ein weiterer Artikel zum CoreConfigurator 2.0 findet sich auf dem Hyper-V Blog der Fa. Rachfahl: http://www.hyper-v-server.de/management/einsatz-des-core-configurator-2-0-tools-mit-hyper-v-server-2008-r2/