Microsoft rät prinzipiell von einem in-place upgrade eines Server 2012/R2 auf Server 2016 ab. Sollte der Server auch noch Domänencontroller sein, sind einige Fehler bereits vorprogrammiert, wenn mittels eines in-place upgrades auf Server 2016 gewechselt wird.

Betroffen davon ist auch der Zeitserverdienst. Dieser ist nach einem in-place upgrade nicht mehr funktionstüchtig.

Der DC verliert die Verbindung zum externen Zeitserver und steht im Domänen Netzwerk auch nicht mehr als Zeit Server zur Verfügung, woraufhin alle Clients und Server auf time.windows.com zurückgreifen werden.

Microsoft hat in einem Support Artikel "Windows Time Service settings are not preserved during an in-place upgrade to Windows Server 2016 or Windows 10 Version 1607"  drei mögliche Methoden zur Problemlösung beschrieben.